BSD系统的软件包管理器使用源码编译的主要原因如下：

1. 兼容性：不同的硬件和操作系统版本需要不同的编译选项，源码编译可以根据特定的环境进行编译，以确保二进制文件的兼容性。

2. 定制化：源码编译可以根据个人或机器的需求进行定制化，例如可以添加或移除特定的功能或库等。

3. 安全性：源码编译可以避免可能存在的安全漏洞或隐藏的恶意代码。

4. 最新版本：源码编译可以保证使用最新的软件版本，而不必等待发行版的更新或手动下载软件包。

5. 教育意义：源码编译可以帮助用户了解软件的工作原理和底层架构，从而提高技术水平。

当然，对于一些常用的软件包，BSD系统的软件包管理器也提供了预编译的二进制文件以供用户下载。