个人地理数据库是使用Microsoft Access数据文件存储和管理的ArcGIS地理数据库的原始数据格式（仅适用于Windows操作系统，并有大小限制）。而文件地理数据库则是在文件系统文件夹中保存各种类型的GIS数据集的集合（适用于ArcGIS推荐的本机数据格式）。

用户数方面，个人地理数据库适合单个用户和小型工作组（具有较小的数据集），可以支持多位读取者和一位写入者，但过多的并发访问会导致性能下降。文件地理数据库同样适合单个用户和小型工作组，每个要素数据集、独立要素类或表可以被多位读取者或一位写入者访问，但过多的并发访问同样会导致性能下降。

存储格式方面，个人地理数据库中的所有内容都保存在单个Microsoft Access文件（.mdb）中，而文件地理数据库中每个数据集都是磁盘上的一个单独文件，文件地理数据库则是用来保存数据集文件的文件夹。