二级数据库是从一级数据库中搜集对象的相关数据集合而成的。一级数据库像genebank、EMBL这样的数据库都是不加选择的，只要是实验获得的数据，不管是什么东西的序列，甚至是不完整的序列都可以上传。而且这些数据可能会有重复。举例来说，如果有一个科研人员专门研究细菌的鉴定，需要用到正式被认可的16srDNA序列，为了方便研究，可以把这些一级数据库中各个种类细菌的公认标准16srDNA序列的数据进行整理，重新构建一个数据库，这就是所谓的二级数据库。如果不进行这样的构建，直接使用一级数据库做blast，就会得到很多未被承认甚至不完整的序列，需要人工一个个进行核对，找出公认的标准序列，非常麻烦。现实中的例子就是韩国的EzTaxon。