1. 根本的区别在于两者遵循的基本原则。SQL服务器的存储引擎狭隘且保守，而MySQL服务器的存储引擎可扩展且开放。MySQL能够提供更多种选择，如MyISAM、Heap、InnoDB和Berkeley DB。MySQL支持的关键词比SQL服务器要少一些，同时也缺乏一些存储程序的功能。

2. 性能方面，纯粹就性能而言，MySQL相当出色，因为它包含一个缺省桌面格式MyISAM。MySQL可以运行于Windows系统而不会发生冲突，在UNIX或类似UNIX系统上运行则更好。这些系统若使用64位处理器能够获取额外的性能。

3. 发行费用方面，这两个产品采取的决策非常不同。对于SQL服务器，获取一个免费的开发费用最常的方式是购买微软的Office或者Visual Studio的费用。但如果你想用于商业产品的开发，则必须购买SQL Server Standard Edition。而MySQL则不完全免费，但是非常便宜。

4. 安全功能方面，MySQL有一个用于改变数据的二进制日志，它能够快速地从主机上复制数据到客户机上。即使服务器崩溃，这一二进制日志也会保持完整，且复制的部分不会受到损坏。SQL服务器也能记录SQL的有关查询，但是这需要付出很高的代价。这两个产品都有自己完整的安全机制，只要你遵循这些安全机制，一般程序都不会出现什么问题。

5. 恢复性方面，MySQL的MyISAM配置存在着一定的缺陷，如果不慎损坏数据库，可能会导致所有的数据丢失。但是对于SQL服务器而言，表现得非常稳键。SQL服务器能够时刻监测数据交换点并把数据库损坏的过程保存下来。