1. 核心区别在于它们所遵循的基本原则不同。SQL服务器的存储引擎相对保守，而MySQL服务器的存储引擎更加开放和可扩展。MySQL提供多种选择如MyISAM，Heap，InnoDB和Berkeley DB，而SQL服务器只有Sybase引擎。MySQL也从不完全支持陌生的关键词，因此它与SQL服务器相比在相关的数据库数量上稍微少一些。此外，MySQL也不支持一些存储处理的功能如MyISAM联支持换起动。

2. 性能：MySQL在性能方面是出色的，因为它包含了一个默认桌面格式MyISAM，这种数据库和磁盘非常兼容而不占用过多的CPU和内存。MySQL在Windows系统中也能运行良好，在UNIX或类似UNIX系统上运行则更好。另外，使用64位处理器也能提高MySQL的性能，因为内部里很多时候都使用64位的整数处理。而SQL服务器在稳定性方面要强于MySQL。但是，这些特性也需要付出代价，如增加额外的复杂操作、磁盘存储和内存资源等。如果你的硬件和软件不能完全支持SQL服务器，建议你考虑其他DBMS数据库来获取更好的结果。

3. 发行费用：虽然MySQL不是全免费的，但它的价格实惠。与SQL服务器不同，对于MySQL的免费开发版只需购买微软的Office或Visual Studio费用即可。但如果你想用于商业产品开发，必须购买SQL Server Standard Edition。学校和非赢利企业则不需要考虑这些附加费用。

4. 安全功能：MySQL使用二进制日志来记录数据的更改。因为它是二进制的，所以这个日志能够快速地从主机上复制数据到客户机上，即使服务器崩溃，此日志仍保持完整且复制的部分不会受到损坏。SQL服务器也可以记录有关查询的信息，但代价很高。这两个产品都有完整的安全机制，只要你遵循这些安全机制，一般情况下不会出现任何问题。它们都使用缺省的IP端口，但有时会受到黑客的攻击，所以你也需要自己设置这些IP端口。

5. 恢复性：MySQL在MyISAM配置中具有恢复性特点。但如果你不小心损坏了数据库，结果可能导致所有的数据丢失。相反，SQL服务器考虑到这点，能够时刻监测数据交换点，并能把数据库损坏的过程保存下来，表现得比MySQL更加稳定。