Linux下从源码编译安装的软件升级方法可以分为以下几步：

1. 下载新版本的软件源码。

2. 卸载旧版本的软件，可以使用make uninstall命令。

3. 使用新版本的源码重新编译安装软件，可以使用make和make install命令。

4. 如果新版本的软件与旧版本有兼容性问题，则需要重新配置软件的运行参数。

需要注意的是，升级之前应该备份旧版本的配置文件和数据，以便在升级失败的情况下恢复数据。另外，在升级之前应该先阅读新版本的文档，了解新特性和变化，以避免出现问题。